Trường được thành lập theo Quyết định số 290/QĐ-TTg ngày 6/3/2007 của Thủ tướng Chính phủ.[2] Trường đã trải qua nhiều giai đoạn chuyển đổi lịch sử và có khởi nguyên từ Khoa Kinh tế Chính trị thuộc trường Đại học Tổng hợp Hà Nội từ năm 1974.

Tháng 11 năm 1974, trường hình thành từ khoa Kinh tế Chính trị trực thuộc Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội. Sau đó đến tháng 9 năm 1995, khoa Kinh tế lại trực thuộc Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn - ĐHQGHN. Vào tháng 7 năm 1999, khoa trực thuộc ĐHQGHN. Cuối cùng đến tháng 3 năm 2007, trường Đại học Kinh tế thành lập từ khoa Kinh tế và trực thuộc ĐHQGHN.